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打电话时短信通知消失可能有多种原因，以下是可能的原因。
1、手机网络状况不佳或信号强度不稳定，导致短信发送延迟或接收不及时，此时可以尝试更换环境或重启手机网络。
2、手机短信内存溢出，如果手机短信长时间未清除，可能会导致短信存储空间满，无法接收新的短信，可以删除一些不必要的短信，释放存储空间。
3、手机处于停机状态，如果手机欠费了运营商会暂停短信和电话服务，需要及时充值话费。
4、手机设置了骚扰拦截或短信黑名单，如果手机设置了拦截未知号码或黑名单，可能会屏蔽一些短信，可以检查相关设置并调整。
5、运营商的短信平台出现故障或维护升级，此时可以联系运营商客服咨询相关情况。
针对以上原因，可以根据具体情况进行排查和解决，如果问题依然存在，建议联系手机运营商客服寻求进一步的帮助。